Partner sind die Technische Universität München, die Ludwig-Maximilians-Universität München, das Helmholtz Zentrum München, das UNIKA-T Augsburg und das Universitätsklinikum Regensburg. Zur Komplettierung und Stärkung der wissenschaftlichen Kompetenz integriert das CAI einzelne Allergiewissenschaftler und -forschungsgruppen.